DGGE: électrophorèse sur gel en gradient dénaturant

L'électrophorèse sur gel en gradient dénaturant ou DGGE (sigle de l'anglais denaturing gradient gel electrophoresis) est une technique d'électrophorèse permettant la séparation de molécules d'acides nucléiques (ADN ou ARN) de même taille.

Son principe consiste à déposer un échantillon d'acide nucléique sur un gel d'électrophorèse contenant un agent dénaturant (par exemple l'urée). Dans un gel DGGE, les fragments d'acide nucléique sont soumis à différentes concentrations croissantes en dénaturant. Les 2 brins d’ADN se séparent plus ou moins rapidement en fonction de leur composition en bases AT et GC (2 liaisons hydrogènes pour AT contre 3 pour GC). Deux molécules différentes peuvent avoir des brins qui ne se sépareront pas au même moment et migreront alors différemment. La molécule la plus stable migrera moins vite que celle qui se dénaturera dans le gradient.Le système DGGE est un système nécessitant une migration lente à faible voltage dans le but d’obtenir une meilleure séparation des fragments d’ADN. Afin d’accroître la distinction entre différents fragments de même taille mais de séquence faiblement différente, une séquence GC-clamp (30 à 60 bases GT) est ajouté au niveau d’une des amorces d’amplification PCR.